Ziel des Verbandes ist die Förderung Botanischer Gärten auf allen Ebenen. Der Verband wirkt aktiv darauf hin, die Stellung der Botanischen Gärten und ihre Wahrnehmung in der Gesellschaft zu stärken. Er nutzt dazu Synergien der über 90 Botanischen Gärten Deutschlands und unterstützt die Gärten bei der Erfüllung ihrer vielfältigen Aufgaben und Funktionen. Dazu gehören insbesondere Aufgaben in der wissenschaftlichen Forschung und Lehre, der Bildung und Öffentlichkeitsarbeit, der nachhaltigen Sicherung pflanzlicher Vielfalt sowie der Kultur. Der Verband unterstützt des Weiteren die Arbeit der an den Gärten tätigen Mitarbeiter und dient ihrem Erfahrungs- und Informationsaustausch. Gemeinsame Interessen der Botanischen Gärten werden durch den Verband national wie international vertreten.

Das in den BIG-Verbund eingebrachte Informationssystem SysTax für Systematik und Taxonomie wird von den beiden Botanischen Gärten Ulm und Bochum geführt.